Мы не знаем, когда именно Юратишковская церковь перешла в унию. Скорее всего этому способствовали владельцы Юратишек того времени, которые после князей Телятевских были исключительно католиками, и приход стал униатским уже в конце XVI – начале XVII века. Косвенно об этом свидетельствует то, что уже в 1646 году земельные интересы Юратишковской церкви отстаивал виленский униатский протопресвитер Евстафий Каминский.
Мария Васильевна Телятевская, которая вступила в брак с Григорием Немирой (Немерой), принесла право владения Юратишковской державой, а соответственно и право патроната над Юратишковской церковью в род Немиров (Ходковичей-Немиров), родовое владение которых, Отмут, располагалось в Новогрудском повете на реке Суле. 31 июля 1586 года король польский и великий князь литовский Стефан Баторий по просьбе своего слуги Григория Немиры и его тёщи Авдотьи Телятевской дал ему Юратишки и Семёнки «до двух животов», то есть до смерти его и его сына. Пожалование было обусловлено службой Григория Немиры в войске киевского каштеляна Павла Сапеги в Любече, участием в военных походах на Чернигов и Стародуб и др. К тому же за Немиру просил племянник Павла Сапеги, подканцлер ВКЛ знаменитый Лев Сапега.
После смерти отца юратишковским державцей стал Ян Григорьевич Немира, который в 1638 году был ошмянским замковым судьёй, а в 1647 году – новогрудским городничим. Ян Немира своей грамотой от 23 мая 1663 года уступил своё пожизненное право на Юратишки и Семёнки вместе с фольварком своему сыну Иерониму Ходковичу Немире и его жене Екатерине Богуфаловне из известного гродненского шляхетского рода владельцев имения Лососно герба «Костеша». Как свидетельствуют дальнейшие грамоты, Иероним Немира был дерптским (сейчас – Тарту в Эстонии) хорунжим. Екатерина пережила своего мужа и передала Юратишки в пожизненное владение своему сыну Иеремии Немире и его жене Петронеле Рогозянке, происходившей из дворянского рода Рогозов герба «Шранява с крестом», к которому принадлежал известный деятель Брестской церковной унии Михаил Васильевич Рогоза, киевский митрополит с 1589 года. Соответствующее подтверждение короля Августа II датировано 15 июля 1698 года.
После Иеронима Немиры Юратишки перешли к его сыну Иеремии Немире, который после отца также стал дерптским хорунжим. Он вместе с женой 12 октября 1703 года передал своё пожизненное право на Юратишковскую державу пинскому обозному Михаилу Антонию Коптю, происходившему из рода герба «Крое», который в XVII веке дал Речи Посполитой 4 сенаторов. Сам Михаил упоминается как ошмянский подчаший в 1711 году, скарбник ВКЛ и писарь трибунала ВКЛ в 1721 году, великий литовский писарь в 1725 году Копоть несколько раз был послом сейма Речи Посполитой и депутатом трибунала ВКЛ.
Именно при Копте Юратишки перешли из королевских в частные имения. Одна из шести дочерей Коптя, Констанция, которая вышла замуж за Франтишка Кастялковского, принесла Юратишки в приданое своему мужу.
После смерти Франтишка Юратишки, как и все остальные его владения, перешли к его сыновьям: Андрею, Игнатию, Каетану и Тадеушу. Наиболее известен из них Костялковский Тадеуш, который был послом на Четырёхлетний сейм Речи Посполитой 1788–1792 годов и участвовал в принятии Конституции 3 мая.
Огромные долги братьев Костялковских привели к тому, что их владения, в том числе и Юратишки, перешли по частям в руки кредиторов. Основная часть Юратишек досталась смоленскому подчашему Павлу Родкевичу, который до этого был у Костялковских залоговым арендатором Юратишек. С 1785 года Юратишки стали наследственным владением Родкевичей, которые до отмены права патроната в 1833 года были коляторами Юратишковской церкви. Следующим владельцем Юратишек стал сын Павла Игнатий. Два других сына Павла, Андрей и Лаврентий, были соответственно настоятелем и помощником настоятеля Трабского костёла. Сын Игнатия Казимир, который был судьёй в Вильно, умер достаточно рано, оставив свои обширные имения малолетним детям. Имение Юратишки отошло старшему сыну Гедимину, от имени которого в 1840-е годы ремонт Юратишковской церкви проводил его опекун, двоюродный брат Казимира, доктор Чарноцкий.
Частью Юратишек после 1785 года владел род Дмоховских, который пользовался гербом «Побуг» и вёл свое начало от владельцев фольварка Кирклишки около Слободки и Сол в Ошмянском повете. Позднее выделилось три линии рода Дмоховских. Ошмянский ротмистр Сымон Дмоховский в 1746 году приобрёл у Заблоцких Тенюковщину. Его старший сын Аврелиан владел Бокшишками, а младший Казимир Роман – Тенюковщиной и Савичами. Казимир Дмоховский в конце XVIII – начале XIX века также был колятором Юратишковской церкви.
Часть коляторов церкви вместо защиты её прав стремилась завладеть её землями, о чём свидетельствуют сохранившиеся судебные дела между священниками Юратишковского храма, с одной стороны, и Яном Немирой, Казимиром Радкевичем, Казимиром Дмоховским, с другой стороны.
Известно, что со времени основания Юратишковская церковь находилась в составе Киевско-Виленской митрополии, поэтому сохранившаяся информация о ней находится в основном в митрополичьем архиве, части которого сейчас находятся в Петербурге, Вильнюсе, Львове и Минске.
Наиболее ранние сведения о составе Юратишковского прихода относятся к 1765 году. Кроме местечка Юратишки в это время к нему относились деревни Лепёшки, Чорты (в настоящее время Черкесы), Нехвёдки, Сороки (располагались рядом с Лаздунами, в начале XIX века основная часть жителей была переселена в Токаришки и Кирвели), Гелути, Довгирдишки, Попельники, Яросмишки, Лобачи, Макути, Савичи, Токаришки, Кричники, Забелавцы, Купровичи и двор Зыковичи. Общее число прихожан составляло 352 человека.
Более подробные сведения о составе Юратишковского прихода приведены в визите 1 марта 1784 года. В это время к церкви в Юратишках относились местечко Юратишки (6 дымов, 23 прихожанина), деревни Жиличи (10 дымов, 55 прихожан), Нефёдки (10 дымов, 46 прихожан), Верещаки (8 дымов, 46 прихожан), фольварк Шакалевщина (7 прихожан), деревни Довгердишки (16 дымов, 83 прихожанина), Попельники (17 дымов, 65 прихожан), Шамушевичи (9 дымов, 28 прихожан), Яросмишки (2 дыма, 6 прихожан), Лепешки (3 дыма, 8 прихожан), Савичи (3 дыма, 11 прихожан), Макути (5 дымов, 19 прихожан), Токаришки (4 дыма, 11 прихожан), Кричники (3 дыма, 13 прихожан), Забелавцы (4 дыма, 17 прихожан), Купровичи (3 дыма, 9 прихожан), Чорты (2 дыма, 6 прихожан), Гелути (2 дыма, 6 прихожан), Лобачи (3 дыма, 11 прихожан), Крылишки (2 дыма, 7 прихожан). Протяжённость прихода составляла до 1,5 миль, или до 11 вёрст.
Церковь в это время носила имя «Святого Николая, епископа Мирейского, и Святого Мученика Юрия» и находилась в Ошмянском деканате Виленского официальства Киевской униатской митрополии (затем последовательно Полоцкой, Брестской, Литовской униатских епархий).
Согласно визите 11 декабря 1819 года церковь была построена более 100 лет назад и находилась в не очень хорошем, требующем обязательного ремонта состоянии. Можно предположить, что здание было возведено или капитально отремонтировано после войны Речи Посполитой с Московской державой 1654–1667 годов, когда местечко, а скорее всего и церковь, были сожжены дотла. В 1784 году храм располагался на частично огороженном треугольном погосте в 2 шнура (90 м) шириной и длиной. Кроме храма на нём располагалась звонница из четырёх столбов с гонтовым покрытием и двумя колоколами (больший колокол ценой около 40 талеров, меньший – около 30 талеров). Здание церкви было построено из бруса, покрыто гонтами. Посреди крыши находился купол с крестом. Два небольших купола с малыми железными крестами располагались по концам кровли. В куполе был небольшой колокол-сигнатурка (около 2 талеров ценой). Перед молитвенным помещением церкви находился притвор с двумя дверями: центральными двустворчатыми на завесах с деревянным засовом и одинарными боковыми на железных завесах с клямкой и навесным замком. Из притвора лестница вела на хоры, а двойные двери на завесах с деревянным засовом – в молитвенное помещение храма.
В молитвенном помещении имелись сделанные из досок пол и потолок, 8 окон со стеклом, оправленным в оловянные рамы, лавки столярной работы, исповедальня. Перед большим алтарём находились ограда из балясин, а вверху балка с распятием (по-видимому, оставшаяся от ранее существовавшего иконостаса греческого образца). Дверей из пресбитерия в ризницу не было. В ризнице находились небольшое окно, стол, накрытый скатертью, небольшой сундук и комод.
В главном алтаре находились антиминс, пописанный митрополитом Володковичем, и Святые Дары в оловянной дарохранительнице в кивории столярной работы с замком. Главный алтарь церкви также был столярной работы с иконой Пресвятой Богородицы, имевшей две серебряных, местами позолоченных короны и под ними две матерчатых короны. На алтаре находились три реликвария с мощами святых. На иконе Богоматери с Младенцем было десять шнуров кораллов, десять шнуров большого и малого бисера, две пары серёжек (одна из бисера, оправленного в серебро), голландский червонный злотый. В верхней части алтаря была помещена икона Распятия Иисуса Христа.
Один из боковых алтарей был оформлен на стене из бумаги, что свидетельствует о его недавнем создании, и имел две иконы Пресвятой Богородицы: одна с короной, шитой из мишурного жёлтого галуна, и широкой красной лентой; другая с окладом из китайки, украшенным мишурным галуном с двумя матерчатыми коронками и платком из хлопка и шёлка.
В церкви находился также алтарь столярной работы, покрашенный «на оптик», со статуей распятого Иисуса Христа с серебряной короной на голове, который был создан не ранее 1772 года на деньги владельца деревни Заболотье (сейчас Кости) католика Леона Кости-Збироговского и находился под опекой ивьевских монахов-бернардинцев. Не случайно на нём находился портатиль, освящённый виленским католическим епископом Бжостовским.
В храме был ещё один окрашенный алтарь столярной работы с иконой Святого Николая и Святого Иоанна.
Имелся и двусторонний алтарь для процессий столярной работы с иконой Пресвятой Богородицы с двумя коронками из ткани, большой кокардой, сделанной из различных бусин. На иконе размещалось два крестика с шотскими камешками, пять пар серёжек, один шнур мелких кораллов, пять шнуров жемчужных мелких бусин. На оборотной стороне была икона Святого Петра.
Жильё священника в Юратишках по визите 1784 года состояло из жилого дома, покрытого соломой, в котором были светлица с кладовой по одну сторону сеней, пекарня с кладовой по другую сторону сеней, изразцовая и курная печи и восемь окон разного размера. Среди хозяйственных построек были 2 амбара (один крытый соломой, другой – дранкой); крытая соломой варивня с сенями; винокурня с баней, покрытые дранкой; 2 хлева; коровник; новое, крытое соломой гумно, огороженные частично забором, частично парканом с въездными воротами. На другом участке находился крытый соломой жилой дом со старой печью. По визите 1819 года строения настоятеля характеризуются уже как «худые».
По состоянию на 1784 год в конце церковного погоста находилось два небольших домика с курными печами для шпиталя (богадельни), в которых проживало 3 убогих, прислуживавших в церкви. В 1819 году оставался уже лишь один небольшой дом, построенный бывшими коляторами, в котором находилось двое убогих, которые содержались за счёт милостыни прихожан и поддержки священника.